martes, 29 de mayo de 2012

CONCLUSIÒN


Para la conclusión de la unidad numero 8 sera de mucha importancia ya que pudimos observar y entender lo elemental de cuales son los procesos mas útiles y necesarios para que se lleve a cabo la síntesis de proteínas a si como los niveles de la expresión genética en organismos procrioticos y eucarioticos, ademas que pudimos entender perfectamente como funcionan los modelos de operon lactosa y operon triptofano el cual de los 2 para mi punto de vista personal fue el mas confuso, los vimos a ambos en ausencia y presencia de lactosa y ademas de las diferencias que ocurren en los dos procesos y las rutas que se toman de acuerdo a la presencia de algunos factores.

8.3 REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN EN ORGANISMOS EUCARIÓTICOS.



                                   Señales que codifican la Transcripción.



Los tipos de señales que pueden alterar la transcripción de un gen puede ser de varios tipos:

**Señales hormonales: Que interaccionan con un receptor de la membrana. En la mayoría de los casos, la señal externa provoca la aparición del segundo mensajero intracelular. La cascada de transducción de señal subsiguiente produce un regulador de transcripción específico. 
**Las señales nutricionales e iónicas: Suelen darse en eucariotas unicelulares solamente porque son los únicos a los que va a afectar el medio en el que están creciendo. La excepción se encuentra en los hepatocitos (es el regulador de la concentración sanguínea de muchos metabolitos) y las células en cultivo.
**Contactos intercelulares: Especialmente durante el desarrollo embrionario. La sinapsis también pertenece a este grupo.



Proteínas que modulan la transcripción
En eucariotas, pueden actuar como reguladores tanto moléculas de RNA como proteínas. Entre las proteínas, las hay que forman parte de la holoenzima polimerasa que son los factores de transcripción, otras intervienen en la remodelación de la cromatina y un tercer grupo se une al DNA para regular la transcripción, que es el que nos ocupa.

1.- Activadores transcripcionales


Los activadores son la proteínas que se van a unir a los elementos distales que son “SDE y potenciadores” para activar la transcripción. Son específicos de unos pocos promotores  por lo que no estarán en todos los tipos celulares, reconocen entre 6 y 14 pb en el promotor.


Suelen tener dos dominios estructurales que su presencia las convierte en proteínas modulares en las que el dominio de unión y el de activación pueden funcionar independientemente

 Ø  Dominio de unión a DNA: Que consta de 60 a 100 aminoácidos consecutivos.
 Ø Dominio de activación de la transcripción: Que consta de 30 a 100 aminoácidos que no tienen por qué ser consecutivos. 

2.- Coactivadores y correpresores



La acción de un activador de transcripción o de un represor puede ejercersedirectamente sobre el complejo basal bien sobre la RNA-polimerasa, alguno de los TFII o los TAFII, o a través de una molécula intermediaria que puede ser un coactivador o un correpresor.
Se le llama coactivador si ayuda a activar la transcripción. Un mismo coactivador puede recibir señales de distintos activadores para transmitirlos hacia el complejo del promotor basal.
                                   

Y es correpresor si ayuda a inactivar el promotor. Los correpresores pueden tener actividad desacetilasa, con lo que hace que el DNA se una con más firmeza a los nucleosomas, inactivando el promotor porque no puede ser reconocido por los factores generales de transcripción.


3.- Transactivadores


Son aquellos que directamente ejercen su acción interaccionando con el complejo de iniciación formado en el promtor basal, bien sobre la propia polimerasa o, más normalmente, sobre una de las TAF o de los TFII, para activar o reprimir la transcripción, puesto que no son actividades exclulyentes.



3.- Transactivadores


La fuente de regulación más potente es al de los elementos distales: Que son los potenciadores. Su función es la de amplificar la transcripción del promtor incluso más de 1000 veces. Los hay específicos del tejido que sólo activan la transcripción de su gen en determinados tejidos, los hay específicos de la etapa de desarrollo e inducibles por alguna señal  externa como hormonas, metales pesados, choque térmico, infección viral, etc. Necesitan la mediación de un coactivador.


Potenciadores
La fuente de regulación más potente es la de los elementos distales: Que son los potenciadores. Su función es la de amplificar la transcripción del promtor incluso más de 1000 veces. Los hay específicos del tejido que sólo activan la transcripción de su gen en determinados tejidos, específicos de la etapa de desarrollo einducibles por alguna señal externa como hormonas, metales pesados, choque térmico, infección viral, etc. Necesitan la mediación de un coactivador.


Silenciamiento de genes 
La unión inespecífica de proteínas reguladoras es un problema importante en los organismos con genomas grandes. Para combatirla, los eucariotas han hecho que los genes tengan en torno a 5 dianas para proteínas reguladoras diferentes. Esta estrategia es útil para los activadores de la transcripción porque es una estrategia eficiente y ahorra esfuerzo. Una estrategia similar no es factible con los inhibidores de la transcripción, por lo que se da poca regulación por silenciamiento.


                                                

 

8.4.2 OPERÓN DE TRIPTOFANO


    

El operón triptófano es un sistema de tipo represible, ya que el aminoácido triptófano correpresor impide la expresión de los genes necesarios para su propia síntesis cuando hay niveles elevados de triptófano. Sin embargo, en ausencia de triptófano o a niveles muy bajos se transcriben los genes del operón trp.


Los elementos del operón Triptofano son semejantes a los del operón lactosa:



Genes estructurales:existen cinco genes estructurales en el siguiente orden trpE-trpD-trpC-trpB-trpA.

Elementos de control:promotor (P) y operador (O). El promotor y el operador están al lado de los genes estructurales y en el siguiente orden: P O trpE-trpD-trpC-trpB-trpA. Curiosamente, las enzimas codificadas por estos cinco genes estructurales actúan en la ruta metabólica de síntesis del triptófano en el mismo orden en el que se encuentran los genes en el cromosoma.

Gen regulador (trpR): codifica para la proteína reguladora. Este gen se encuentra en otra región del cromosoma bacteriano aunque no muy lejos del Operón.

Correpresor: triptófano

Jacob y Monod no sólo estudiaron la estructura del Operón de la lactosa, sino también el Operón del triptófano. El triptófano es un aminoácido que la bacteria necesita constantemente en la síntesis de las proteínas necesarias para su supervivencia. Jacob y Monod se dieron cuenta de que el Operón del triptófano (el cual controla las enzimas encargadas de la síntesis del triptófano) trabaja constantemente, a menos que exista suficiente triptófano en el medio.

En presencia de triptófano, el triptófano se une a la proteína reguladora o represora cambiando su conformación, de manera que ahora si puede unirse a la región operadora y como consecuencia la ARN-polimerasa no puede unirse a la región promotora y no se transcriben los genes estructurales del operón trp.
Por tanto, la diferencia esencial entre el operón lac (inducible) y el operón trp (represible), es que en este último el represor del triptófano solamente es capaz de unirse al operador cuando previamente está unido al trp.



 


                                                  Bibliografía:
                http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Operon/Operon.htm



8.2.1 OPERON DE LACTOSA (CONTROL POSITIVO)



Los científicos Francois Jacob,y  Jacques Monod  analizaron el sistema de la lactosa en E. coli, de manera que los resultados de sus estudios permitieron establecer el modelo genético del Operón que permite comprender como tiene lugar la regulación de la expresión génica en bacterias.

En 1961 dos microbiólogos franceses, Francois Jacob y Jacques Monod, descubrieron un mecanismo de regulación y control de síntesis de proteínas en bacterias al que dieron el nombre de Operón.  Notaron que la bacteria Escherichia coli sintetizaba ciertas enzimas de manera constante, mientras que otras se sintetizaban en el momento en que eran requeridas. Es decir, si la bacteria era colocada en un medio que contenía lactosa (azúcar de la leche), ésta empezaba a producir las enzimas que la digieren en galactosa y glucosa; por el contrario, si el medio carecía de lactosa, la bacteria no la producía pues era inútil su producción.

Definiendo al operadon como un  grupo de genes estructurales cuya expresión está regulada por los mismos elementos de control (promotor y operador) y genes reguladores

Los principales elementos que constituyen un operón son los siguientes:





Jacob y Monod descubrieron que los genes estructurales del Operón de la lactosaza, estaban alineados en el cromosoma, mientras que un cuarto gene se localizaba a cierta distancia, al que llamaron gene regulador. De estos cuatro genes, los tres estructurales se transcriben al mismo tiempo en ARN, mientras que el cuarto gene, el represor, transcribe un ARN mensajero que codifica para una proteína represora que se une a otra región muy especial de ADN presente en el Operón de la lactosa. Esta región es la del operador. Si la enzima que sintetiza el gene regulador se pega al operador, inhibe su acción y podemos decir que el sistema está apagado. Si, por el contrario, esta enzima represora se pega con el azúcar de la lactosa presente en el medio, se despegará del operador y será entonces cuando empiecen a funcionar los genes estructurales, sintetizando las enzimas que desdoblan eficientemente a la lactosa. Este sistema del Operón de la lactosa que regula la producción de enzimas se autorregula en el momento que las enzimas producidas por los genes estructurales han digerido a la lactosa en galactosa y glucosa, lo que disminuye la concentración de lactosa; y por lo tanto, la molécula represora, al no encontrar lactosas libres para pegarse, se vuelve a unir al operador, apagándolo. Este sistema, como vemos, es negativo y el inductor, el elemento que provoca la reacción en cadena es, en este caso, la lactosa.

El Operon Lactosa


Es un operón requerido para el transporte y metabolismo de la lactosa en la bacteria Escherichia coli, así como en algunas otras bacterias entéricas. Presenta tres genes estructurales adyacentes, un promotor, un terminador y un operador. 

Elementos del operón lactosa 
v  El gen z+:
Codifica para la -galactosidasa que cataliza la hidrolisis de la lactosa en glucosa más galactosa.
v  El gen y+:
Codifica para la galactósido permeasa que transporta-galactósidos al interior de la célula bacteriana.
v  El gen a+: 
      Codifica para la tiogalactósido transacetilasa que cataliza la transferencia del grupo acetil del acetil Coenzima A al 6-OH de un aceptor tiogalatósido. Este gen no está relacionado con el metabolismo de la lactosa.

Operón lactosa en ausencia de lactosa



                               Operón Lactosa en presencia de Lactosa

En presencia del inductor la lactosa, se une a la proteína reguladora que cambia su conformación y se suelta de la región operadora dejando acceso libre a la ARN-polimerasa para que se una a la región promotora y se transcriban los genes estructurales. Por consiguiente, la presencia del inductor hace que se expresen los genes estructurales del operón, necesarios para metabolizar la lactosa.
Es conveniente recordar que los tres genes estructurales del operón lactosa se transcriben juntos en un mismo ARNm, es decir que los ARN mensajeros de bacterias suelen ser policistrónicos, poligénicos o multigénicos. Sin embargo, en eucariontes los mensajreos suelen sen monocistrónicos o monogénicos, es decir, corresponden a la transcripción de un solo gen estructural. 








8.2 REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN EN ORGANISMOS PROCARIÓTICOS.


Cambios en la estructura del DNA

En las bacterias, a pesar de ser organismos unicelulares, también es necesaria regular la expresión de los genes adaptándola a las necesidades ambientales. Es un principio de economía celular el que la expresión de los genes esta regulada según las circunstancias celulares. Un buen ejemplo de esta situación en bacterias es la regulación de las enzimas implicadas en el metabolismo de los azúcares. Las bacterias pueden emplear para obtener energía distintas fuentes de carbono, como la glucosa, lactosa, galactosa, maltosa, ramnosa y xilosa. Existen enzimas capaces de introducir cada uno de estos azúcares en la bacteria y enzimas capaces de romperlos para obtener energía. Lógicamente, sería un despilfarro energético producir simultáneamente todos los enzimas necesarios para metabolizar los diferentes azúcares mencionados. Por consiguiente, sería mucho más económico para la célula producir solamente las enzimas necesarias en cada momento, es decir, si en el medio en el que vive la bacteria la principal fuente de carbono es la lactosa, solamente se expresarían los genes necesarios para metabolizar la lactosa, mientras que los otros genes no se expresarían. Por tanto, es esencial que exista un mecanismo de regulación de la expresión génica, de manera que los genes se expresen cuando sea necesario.



Metilación
La metilación provoca un cambio de estructura en el apareamiento entre las bases nitrogenadas que puede alterar su reconocimiento por algunas proteínas. El más conocido es el de la metilasa dam que reconoce la secuencia GATC y metila la A.
La mayor parte de los genes cuya exprexión se ve reprimida por la metilación son genes cuya expresión sólo se necesita durante la replicación (único momento en el que una cadena del DNA está transitoriamente hemimetilado), permaneciendo reprimidos el resto del ciclo celular.

Superenrollamiento
Para mantener una situación homeostática en la célula en relación al número de superenrollamientos es necesario mantener con una regulación contraria los genes “topa” que codifica la topoisomerasa I y “gyrA” y “gyrB” que determinan las dos subunidades de la DNA-topoisomerasa II. No se conoce el mecanismo molecular que controla esta regulación. Sí se sabe que mutantes en las topoisomerasas disminuyen la tasa general de transcripción.

Cambios en la interacción entre el DNA y la RNA-polimerasa
Lo provocan aquellos cambios que, sin alterar ni la estructura del DNA ni la de la RNA-polimerasa, sí que afectan la interacción entre ambas. Es necesaria la comparecencia de una tercera molécula, habitualmente una proteína aunque a veces puede ser RNA.



Son tres mecanismos los que pueden alterar esta interacción:                                             


+    Modificación de la interacción entre RNA polimerasa y el promotor debido a la   existencia de una proteína reguladora y un efector.
  +    Secuencias reguladoras a distancia                                                  
  +   Modificación de la terminación: Antiterminación

                               Bibliografía:
           http://biomoleculi.galeon.com/tres.htm

8.1 NIVELES DE REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA.



En las bacterias, a pesar de ser organismos unicelulares, también es necesario regular la expresión de los genes adaptándola a las necesidades ambientales. Existen enzimas capaces de introducir cada uno de estos azúcares en la bacteria y enzimas capaces de romperlos para obtener energía.

 Lógicamente, sería un despilfarro energético producir simultáneamente todos los enzimas necesarios para metabolizar los diferentes azúcares mencionados. Por consiguiente, sería mucho más económico para la célula producir solamente las enzimas necesarias en cada momento, es decir, si en el medio en el que vive la bacteria la principal fuente de carbono es la lactosa, solamente se expresarían los genes necesarios para metabolizar la lactosa, mientras que los otros genes no se expresarían. Por tanto, es esencial que exista un mecanismo de regulación de la expresión génica, de manera que los genes se expresen cuando sea necesario.

Por eso, la complejidad de los organismos emerge de una regulación de la expresión génica cada vez más elaborada y no de cambios o mutaciones en los genes estructurales o enzimáticos: la secuencia de las proteínas se conserva mucho a través de distintas especies, sin cambios importantes mientras que los cambios en el orden de los elementos del promotor o de sus elementos reguladores provocan alteraciones drásticas.



En cambio, la estrategia eucariota ha de ser distinta puesto que en los organismos pluricelulares donde el medio intercelular es relativamente constante, el control génico está al servicio de la especialización celular. Así, nos encontramos con genes que no responden a cambios fisiológicos y otros que sufren un fuerte control como consecuencia del desarrollo, de la organización de células en tejidos, y de los tejidos en organismos completos.

Así, los mamíferos son muy diferentes, pero sus ORF son parecidas; en cambio, la divergencia de secuencia en las ranas es muy alta a pesar de que forman un grupo bastante homogéneo.
Las diferentes posibilidades de regulación de la expresión génica en organismos eucariotas son:


                    La genómica indica:

·                     El número de genes no varía mucho entre las especies: los vertebrados tienen como mucho el doble de genes que los invertebrados;
·                     El número de genes no sirve para explicar la diversidad evolutiva por mutación o duplicación génica;
·                     La variabilidad de los genes se debe a la duplicación de genes en vez de la creación de genes nuevos.
·                     La complejidad evolutiva se correlaciona con el aumento de genes reguladores: en las levaduras hay un gen regulador por cada 20 funcionales, pero en humanos hay más de 3 000 reguladores para unos 30 000 genes

1._Nivel de cromatina.
La cromatina está constituida por el DNA enrollado alrededor de una serie de nucleosomas, empaquetada más relajada en las regiones que contienen genes activos. Además de los cambios generales que ocurren en las regiones activas o potencialmente activas, ocurren cambios estructurales en sitios específicos asociados con la iniciación de la transcripción o con determinadas características estructurales del DNA. Estos cambios se detectaron por primera vez gracias a los efectos de la digestión con concentraciones muy débiles de la enzima DNAsa I.



Muchos de los sitios hipersensibles están relacionados con la expresión génica. Cada gen activo tiene su sitio en la región del promotor y a veces más de un sitio. La mayoría de los sitios hipersensibles se encuentran solamente en la cromatina de las células en las cuales se está expresando el gen asociado; no se encuentran cuando el gen está inactivo. Se asume que un sitio hipersensible es el resultado de la unión de proteínas reguladoras específicas que excluyen los nucleosomas. Los factores de transcripción pueden generar sitios hipersensibles asociados a la transcripción.

2._Nivel transcripcional.
La transcripción de un gen en estado activo está controlada en la iniciación por la interacción de la RNA polimerasa con su promotor. En la mayoría de los genes, éste es el punto de control más importante.

Probablemente sea el nivel más común de regulación. Hasta el momento no existen evidencias de control en otras etapas de la transcripción en las células eucariotas, como por ejemplo, mediante mecanismos de antiterminación. La regulación de la transcripción de un gen específico de tejido es la base de la diferenciación eucariota, como por ejemplo, las proteínas que regulan el desarrollo embrionario que no son más que factores de transcripción.



3._Nivel postranscripcional.
A nivel postranscripcional, la regulación de la expresión de los genes eucariotas se subdivide en:
Splicing diferencial.
Diferentes sitios de poliadenilación.
Estabilidad de los mRNA.
Almacenamiento de los mRNA.
Existen varias formas alternas de splicing mediante las cuales, a partir de un mismo gen, se obtiene una variedad de productos proteicos. Un sitio de splicing puede permanecer constante y el otro variar.

4._Nivel traduccional.
Este nivel de regulación es el menos conocido de todos. Parece ser que los mecanismos que lo rigen juegan un papel importante en el almacenamiento recién estudiado, ya que la traducción depende de la liberación de los mRNAs, aún cuando el almacenamiento sea breve. Tampoco todos los mRNAs que llegan al citoplasma se traducen en proteínas.
 A veces se encuentran mRNAs que dirigen la síntesis proteica in vitro, aunque sus proteínas correspondientes no se sintetizan en las células de las cuales se obtuvo el mRNA. La posibilidad de que un mRNA sea traducido en auténticas proteínas in vitro, demuestra que éste es capaz de funcionar como molde. De esta manera, su incapacidad de ser traducido in vivo puede tomarse como evidencia del control traduccional. Debe haber algunos mecanismos in vivo que eviten la traducción.

5.-Nivel postraduccional.
Las proteínas recién sintetizadas pueden sufrir modificaciones postraduccionales que son, a su vez, una manera de controlar la expresión de los genes en eucariontes. Esta regulación puede ser cuantitativa o cualitativa.

Se trata de glicosilaciones, fosforilaciones, acetilaciones, ribosilaciones, etc. Se puede dar el caso de poliproteínas que sufren cortes, mecanismo que es común en la síntesis de hormonas peptídicas como la insulina. La insulina está formada por dos cadenas polipeptídicas. Primeramente se sintetiza una cadena de 86 aminoácidos que es la preproinsulina. Se elimina el péptido señal y queda la proinsulina con 62 aminoácidos. Sucede un plegamiento tridimensional de la proinsulina que está estabilizado por enlaces disulfuros. A continuación se eliminan 31 aminoácidos por cortes internos dando la insulina activa.
Otra vía de control es la activación de enzimas por cortes proteolíticos. La forma precursora de muchas enzimas es inactiva. Se activan después de ser cortadas en puntos específicos como por ejemplo la quimotripsina. La unión de grupos prostéticos a glicoproteínas y lipoproteínas es otra forma de regulación de la expresión de los genes en eucariontes a nivel postraduccional.

                                                         Bibliografía:
                        http://med.unne.edu.ar/catedras/bioquimica/expresion.htm


INTRODUCCION, OBJETIVOS Y METODOLOGIA



                                                          INTRODUCCIÓN:

La transferencia de genes es común entre las bacterias, incluso entre aquellas que son distantes. Este proceso es el principal mecanismo de expansión de los genes de resistencia a antibióticos. Cuando una célula bacteriana consigue esta resistencia, puede transferir rápidamente estos genes a otras especies. Bacterias entéricas intercambian material genético a través del aparato digestivo en el que viven. Existen varios mecanismos comunes de transferencia de genes los cuales conoceremos a lo largo de esta unidad.

En la unidad numero 9  llamada “TRANSFERENCIA DEL MATERIAL GENÉTICO” primordialmente repasaremos algunas generalidades básicas de las bacterias, como sus características, morfología, estructura, entre otras cosas, partiendo de ahí veremos principalmente los mecanismos de reproducción en bacterias, entre ellos los mecanismos de transferencia natural, en los que se encuentran: La transformación, conjugación, transducción, recombinación y transfección, así como también veremos los mecanismos de transferencia artificial, que son Físicos y Químicos, en los químicos se encuentran: Las técnicas como la microinyección con una fina aguja de cristal y la electroporación que es una exposición de las células aun choque eléctrico y en los mecanismos químicos se encuentran: El Método del fosfato cálcico, Método del DEAE dextrano, Método DNA desnudo, Método Péptidos fusiogénicos, Método  de Liposomas


                                                             OBJETIVO:

    Entender las bases moleculares del intercambio del material genético entre los diferentes seres vivos para su posterior aplicación.


                                                         METODOLOGÍA:

La metodología que utilizare en mi portafolio de evidencias de trabajo, así como mis tareas, resumen de las clases, e investigaciones serán conforme a los días de clases.
2_Curtis, Barnes, Schnek, Massarini. Curtis Biología. 7ª edición,  ed. Panamericana, impreso en México,  2007. 

TEMARIO, UNIDAD 8


TEMARIO
UNIDAD
TEMAS
SUBTEMAS
8
Regulación de la expresión genética
8.1 Niveles de regulación de la expresión genética.
8.2 Regulación de la transcripción en organismos procarióticos.
8.4.1 Operon de Lactosa (Control positivo).
8.4.2 Operon de Triptófano (control negativo).
8.3 Regulación de la transcripción en organismos eucarióticos.


PORTADA UNIDAD 8


    
                  SEP        SNEST         DGEST

          INSTITUTO TECNOLOGICO DE CD ALTAMIRANO



PRESENTA:

ORROSQUIETA VAZQUEZ GABINO

UNIDAD “8”

REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

No DE CONTROL: 
09930050

CARRERA:

 LIC. EN BIOLOGIA

VI SEMESTRE

               CIUDAD ALTAMIRANO GRO. MÉXICO A 29 DE MAYO DEL 2011