martes, 29 de mayo de 2012

8.2 REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN EN ORGANISMOS PROCARIÓTICOS.


Cambios en la estructura del DNA

En las bacterias, a pesar de ser organismos unicelulares, también es necesaria regular la expresión de los genes adaptándola a las necesidades ambientales. Es un principio de economía celular el que la expresión de los genes esta regulada según las circunstancias celulares. Un buen ejemplo de esta situación en bacterias es la regulación de las enzimas implicadas en el metabolismo de los azúcares. Las bacterias pueden emplear para obtener energía distintas fuentes de carbono, como la glucosa, lactosa, galactosa, maltosa, ramnosa y xilosa. Existen enzimas capaces de introducir cada uno de estos azúcares en la bacteria y enzimas capaces de romperlos para obtener energía. Lógicamente, sería un despilfarro energético producir simultáneamente todos los enzimas necesarios para metabolizar los diferentes azúcares mencionados. Por consiguiente, sería mucho más económico para la célula producir solamente las enzimas necesarias en cada momento, es decir, si en el medio en el que vive la bacteria la principal fuente de carbono es la lactosa, solamente se expresarían los genes necesarios para metabolizar la lactosa, mientras que los otros genes no se expresarían. Por tanto, es esencial que exista un mecanismo de regulación de la expresión génica, de manera que los genes se expresen cuando sea necesario.



Metilación
La metilación provoca un cambio de estructura en el apareamiento entre las bases nitrogenadas que puede alterar su reconocimiento por algunas proteínas. El más conocido es el de la metilasa dam que reconoce la secuencia GATC y metila la A.
La mayor parte de los genes cuya exprexión se ve reprimida por la metilación son genes cuya expresión sólo se necesita durante la replicación (único momento en el que una cadena del DNA está transitoriamente hemimetilado), permaneciendo reprimidos el resto del ciclo celular.

Superenrollamiento
Para mantener una situación homeostática en la célula en relación al número de superenrollamientos es necesario mantener con una regulación contraria los genes “topa” que codifica la topoisomerasa I y “gyrA” y “gyrB” que determinan las dos subunidades de la DNA-topoisomerasa II. No se conoce el mecanismo molecular que controla esta regulación. Sí se sabe que mutantes en las topoisomerasas disminuyen la tasa general de transcripción.

Cambios en la interacción entre el DNA y la RNA-polimerasa
Lo provocan aquellos cambios que, sin alterar ni la estructura del DNA ni la de la RNA-polimerasa, sí que afectan la interacción entre ambas. Es necesaria la comparecencia de una tercera molécula, habitualmente una proteína aunque a veces puede ser RNA.



Son tres mecanismos los que pueden alterar esta interacción:                                             


+    Modificación de la interacción entre RNA polimerasa y el promotor debido a la   existencia de una proteína reguladora y un efector.
  +    Secuencias reguladoras a distancia                                                  
  +   Modificación de la terminación: Antiterminación

                               Bibliografía:
           http://biomoleculi.galeon.com/tres.htm

8.1 NIVELES DE REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA.



En las bacterias, a pesar de ser organismos unicelulares, también es necesario regular la expresión de los genes adaptándola a las necesidades ambientales. Existen enzimas capaces de introducir cada uno de estos azúcares en la bacteria y enzimas capaces de romperlos para obtener energía.

 Lógicamente, sería un despilfarro energético producir simultáneamente todos los enzimas necesarios para metabolizar los diferentes azúcares mencionados. Por consiguiente, sería mucho más económico para la célula producir solamente las enzimas necesarias en cada momento, es decir, si en el medio en el que vive la bacteria la principal fuente de carbono es la lactosa, solamente se expresarían los genes necesarios para metabolizar la lactosa, mientras que los otros genes no se expresarían. Por tanto, es esencial que exista un mecanismo de regulación de la expresión génica, de manera que los genes se expresen cuando sea necesario.

Por eso, la complejidad de los organismos emerge de una regulación de la expresión génica cada vez más elaborada y no de cambios o mutaciones en los genes estructurales o enzimáticos: la secuencia de las proteínas se conserva mucho a través de distintas especies, sin cambios importantes mientras que los cambios en el orden de los elementos del promotor o de sus elementos reguladores provocan alteraciones drásticas.



En cambio, la estrategia eucariota ha de ser distinta puesto que en los organismos pluricelulares donde el medio intercelular es relativamente constante, el control génico está al servicio de la especialización celular. Así, nos encontramos con genes que no responden a cambios fisiológicos y otros que sufren un fuerte control como consecuencia del desarrollo, de la organización de células en tejidos, y de los tejidos en organismos completos.

Así, los mamíferos son muy diferentes, pero sus ORF son parecidas; en cambio, la divergencia de secuencia en las ranas es muy alta a pesar de que forman un grupo bastante homogéneo.
Las diferentes posibilidades de regulación de la expresión génica en organismos eucariotas son:


                    La genómica indica:

·                     El número de genes no varía mucho entre las especies: los vertebrados tienen como mucho el doble de genes que los invertebrados;
·                     El número de genes no sirve para explicar la diversidad evolutiva por mutación o duplicación génica;
·                     La variabilidad de los genes se debe a la duplicación de genes en vez de la creación de genes nuevos.
·                     La complejidad evolutiva se correlaciona con el aumento de genes reguladores: en las levaduras hay un gen regulador por cada 20 funcionales, pero en humanos hay más de 3 000 reguladores para unos 30 000 genes

1._Nivel de cromatina.
La cromatina está constituida por el DNA enrollado alrededor de una serie de nucleosomas, empaquetada más relajada en las regiones que contienen genes activos. Además de los cambios generales que ocurren en las regiones activas o potencialmente activas, ocurren cambios estructurales en sitios específicos asociados con la iniciación de la transcripción o con determinadas características estructurales del DNA. Estos cambios se detectaron por primera vez gracias a los efectos de la digestión con concentraciones muy débiles de la enzima DNAsa I.



Muchos de los sitios hipersensibles están relacionados con la expresión génica. Cada gen activo tiene su sitio en la región del promotor y a veces más de un sitio. La mayoría de los sitios hipersensibles se encuentran solamente en la cromatina de las células en las cuales se está expresando el gen asociado; no se encuentran cuando el gen está inactivo. Se asume que un sitio hipersensible es el resultado de la unión de proteínas reguladoras específicas que excluyen los nucleosomas. Los factores de transcripción pueden generar sitios hipersensibles asociados a la transcripción.

2._Nivel transcripcional.
La transcripción de un gen en estado activo está controlada en la iniciación por la interacción de la RNA polimerasa con su promotor. En la mayoría de los genes, éste es el punto de control más importante.

Probablemente sea el nivel más común de regulación. Hasta el momento no existen evidencias de control en otras etapas de la transcripción en las células eucariotas, como por ejemplo, mediante mecanismos de antiterminación. La regulación de la transcripción de un gen específico de tejido es la base de la diferenciación eucariota, como por ejemplo, las proteínas que regulan el desarrollo embrionario que no son más que factores de transcripción.



3._Nivel postranscripcional.
A nivel postranscripcional, la regulación de la expresión de los genes eucariotas se subdivide en:
Splicing diferencial.
Diferentes sitios de poliadenilación.
Estabilidad de los mRNA.
Almacenamiento de los mRNA.
Existen varias formas alternas de splicing mediante las cuales, a partir de un mismo gen, se obtiene una variedad de productos proteicos. Un sitio de splicing puede permanecer constante y el otro variar.

4._Nivel traduccional.
Este nivel de regulación es el menos conocido de todos. Parece ser que los mecanismos que lo rigen juegan un papel importante en el almacenamiento recién estudiado, ya que la traducción depende de la liberación de los mRNAs, aún cuando el almacenamiento sea breve. Tampoco todos los mRNAs que llegan al citoplasma se traducen en proteínas.
 A veces se encuentran mRNAs que dirigen la síntesis proteica in vitro, aunque sus proteínas correspondientes no se sintetizan en las células de las cuales se obtuvo el mRNA. La posibilidad de que un mRNA sea traducido en auténticas proteínas in vitro, demuestra que éste es capaz de funcionar como molde. De esta manera, su incapacidad de ser traducido in vivo puede tomarse como evidencia del control traduccional. Debe haber algunos mecanismos in vivo que eviten la traducción.

5.-Nivel postraduccional.
Las proteínas recién sintetizadas pueden sufrir modificaciones postraduccionales que son, a su vez, una manera de controlar la expresión de los genes en eucariontes. Esta regulación puede ser cuantitativa o cualitativa.

Se trata de glicosilaciones, fosforilaciones, acetilaciones, ribosilaciones, etc. Se puede dar el caso de poliproteínas que sufren cortes, mecanismo que es común en la síntesis de hormonas peptídicas como la insulina. La insulina está formada por dos cadenas polipeptídicas. Primeramente se sintetiza una cadena de 86 aminoácidos que es la preproinsulina. Se elimina el péptido señal y queda la proinsulina con 62 aminoácidos. Sucede un plegamiento tridimensional de la proinsulina que está estabilizado por enlaces disulfuros. A continuación se eliminan 31 aminoácidos por cortes internos dando la insulina activa.
Otra vía de control es la activación de enzimas por cortes proteolíticos. La forma precursora de muchas enzimas es inactiva. Se activan después de ser cortadas en puntos específicos como por ejemplo la quimotripsina. La unión de grupos prostéticos a glicoproteínas y lipoproteínas es otra forma de regulación de la expresión de los genes en eucariontes a nivel postraduccional.

                                                         Bibliografía:
                        http://med.unne.edu.ar/catedras/bioquimica/expresion.htm


INTRODUCCION, OBJETIVOS Y METODOLOGIA



                                                          INTRODUCCIÓN:

La transferencia de genes es común entre las bacterias, incluso entre aquellas que son distantes. Este proceso es el principal mecanismo de expansión de los genes de resistencia a antibióticos. Cuando una célula bacteriana consigue esta resistencia, puede transferir rápidamente estos genes a otras especies. Bacterias entéricas intercambian material genético a través del aparato digestivo en el que viven. Existen varios mecanismos comunes de transferencia de genes los cuales conoceremos a lo largo de esta unidad.

En la unidad numero 9  llamada “TRANSFERENCIA DEL MATERIAL GENÉTICO” primordialmente repasaremos algunas generalidades básicas de las bacterias, como sus características, morfología, estructura, entre otras cosas, partiendo de ahí veremos principalmente los mecanismos de reproducción en bacterias, entre ellos los mecanismos de transferencia natural, en los que se encuentran: La transformación, conjugación, transducción, recombinación y transfección, así como también veremos los mecanismos de transferencia artificial, que son Físicos y Químicos, en los químicos se encuentran: Las técnicas como la microinyección con una fina aguja de cristal y la electroporación que es una exposición de las células aun choque eléctrico y en los mecanismos químicos se encuentran: El Método del fosfato cálcico, Método del DEAE dextrano, Método DNA desnudo, Método Péptidos fusiogénicos, Método  de Liposomas


                                                             OBJETIVO:

    Entender las bases moleculares del intercambio del material genético entre los diferentes seres vivos para su posterior aplicación.


                                                         METODOLOGÍA:

La metodología que utilizare en mi portafolio de evidencias de trabajo, así como mis tareas, resumen de las clases, e investigaciones serán conforme a los días de clases.
2_Curtis, Barnes, Schnek, Massarini. Curtis Biología. 7ª edición,  ed. Panamericana, impreso en México,  2007. 

TEMARIO, UNIDAD 8


TEMARIO
UNIDAD
TEMAS
SUBTEMAS
8
Regulación de la expresión genética
8.1 Niveles de regulación de la expresión genética.
8.2 Regulación de la transcripción en organismos procarióticos.
8.4.1 Operon de Lactosa (Control positivo).
8.4.2 Operon de Triptófano (control negativo).
8.3 Regulación de la transcripción en organismos eucarióticos.


PORTADA UNIDAD 8


    
                  SEP        SNEST         DGEST

          INSTITUTO TECNOLOGICO DE CD ALTAMIRANO



PRESENTA:

ORROSQUIETA VAZQUEZ GABINO

UNIDAD “8”

REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GENÉTICA

No DE CONTROL: 
09930050

CARRERA:

 LIC. EN BIOLOGIA

VI SEMESTRE

               CIUDAD ALTAMIRANO GRO. MÉXICO A 29 DE MAYO DEL 2011

jueves, 17 de mayo de 2012

7.4.1 MODIFICACIÓN DE PROTEÍNAS POS TRADUCCIÓN



Algunas proteínas emergen del ribosoma preparadas para ejercer su función de inmediato, mientras que otras experimentan diversas modificaciones pos traducción, que pueden conducir a la proteína a la adquisición de su forma funcional, a su traslado a un compartimento subcelular determinado, a su secreción al exterior de la célula, etc.


PLEGAMIENTO


Muchas proteínas adquieren espontáneamente la correcta conformación tridimensional, pero otras muchas solo adquieren la conformación correcta con la ayuda de una o más proteínas chaperonas. Las chaperonas se unen reversiblemente a regiones hidrofóbicas de las proteínas desplegadas y a los intermediarios de plegamiento; pueden estabilizar intermediarios, mantener proteínas desplegadas para que pasen con facilidad a través de membranas, ayudar a desplegar segmentos plegados incorrectamente, impedir la formación de intermediarios incorrectos o impedir interacciones inadecuadas con otras proteínas.





GLUCOSILACIÓN


La glucosilación es la adición de uno o más glúcidos a una proteína lo que da lugar a las glucoproteínas, que son esenciales en los mecanismos de reconocimiento celular. La glucosilación puede implicar la adición de unas pocas moléculas glucídicas o de grandes cadenas ramificadas de oligosacáridos. Existe un centenar de glucosiltransferasas distintas, las enzimas encargadas de realizar este proceso. El mecanismo es básicamente el mismo en todos los casos; un azúcar es transferido desde un sustrato dador activado hasta un aceptor apropiado.





PROTEÓLISIS PARCIAL


La proteólisis parcial es una etapa frecuente en los procesos de maduración de las proteínas. Pueden eliminarse secuencias de aminoácidos en ambos extremos o en el interior de la proteína. La proteólisis en el retículo endoplasmático y en el aparato de Golgi son, por ejemplo, esenciales en la maduración de la insulina; la pre proinsulina codificada por el ARNm es introducida en el retículo endoplasmático; una peptidasa la corta y origina la proinsulina que se pliega para formar los puentes disulfuro correctamente; la proinsulina es transportada al aparato de Golgi, donde es empaquetada en gránulos de secreción; entonces se elimina un fragmento (péptido C) por proteólisis originando la insulina funcional, que es secretada. La hiperproinsulinemia familiar es una enfermedad genética autosómica dominante causada por en defecto en el proceso de maduración de la proinsulina, que da lugar a la presencia en el torrente circulatorio de insulina y de proinsulina en cantidades similares.


MODIFICACIÓN DE AMINOÁCIDOS


Sólo 20 aminoácidos están codificados genéticamente y son incorporados durante la traducción. Sin embargo, las modificaciones pos traducción conducen a la formación de 100 o más derivados de los aminoácidos.

 Las modificaciones de los aminoácidos juegan con frecuencia un papel de gran importancia en la correcta funcionalidad de la proteína.
Son numerosos los ejemplos de modificación pos traducción de aminoácidos. 

La formación pos traducción de puentes disulfuro, básicos en la estabilización de la estructura terciaria de las proteínas está catalizada por una disulfuro isomerasa. 

En las histonas tiene lugar la metilación de las lisinas. En el colágeno abunda el aminoácido 4-hidroxiprolina, que es el resultado de la hidroxilación de la prolina. La traducción comienza con el codón "AUG" que es además de señal de inicio significa el aminoácido metionina, que casi siempre es eliminada por proteólisis.

Sólo 20 aminoácidos están codificados genéticamente y son incorporados durante la traducción. Sin embargo, las modificaciones pos traducción conducen a la formación de 100 o más derivados de los aminoácidos. Las modificaciones de los aminoácidos juegan con frecuencia un papel de gran importancia en la correcta funcionalidad de la proteína.




Son numerosos los ejemplos de modificación pos traducción de aminoácidos. La formación pos traducción de puentes disulfuro, básicos en la estabilización de la estructura terciaria de las proteínas está catalizada por una disulfuro isomerasa. En las histonas tiene lugar la metilación de las lisinas. En el colágeno abunda el aminoácido 4-hidroxiprolina, que es el resultado de la hidroxilación de la prolina. La traducción comienza con el codón "AUG" que es además de señal de inicio significa el aminoácido metionina, que casi siempre es eliminada por proteólisis.




7.4 ETAPAS DE LA SÍNTESIS DE PROTEÍNAS EN ORG. EUCARIÓTICOS




INICIACIÓN

v  Trece factores de iniciación; el RNAt iniciador lleva Metionina; el codón de inicio es AUG; ausencia de secuencia Shine-Dalgarno pero presencia de secuencia Kozak; la cubierta de ARNm 5' metilada (CAP) puede tener un punto de unión en la subunidad 40S del ribosoma que guía al complejo de traducción hasta el punto de inicio






ELONGACIÓN

v  eEF1α-Une el RNAt al sitio A del ribosoma
v  eEF2-Ayuda para el movimiento de la translocación




TERMINACIÓN


v  eRF1-Reconoce el codón de terminación y se une al eRF3
v  eRF3-Disocia todos los componentes de la traducción ayudado por el factor eRF1




UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE CHIHUAHUA /FACULTAD DE CIENCIAS QUÍMICAS/BIOLOGÍA MOLECULAR.MX